Permessi di durata pari all'intera giornata lavorativa: c'è decurtazione del trattamento accessorio?

Nella mia scuola ci sono incomprensioni sull'applicazione art. 33 comma 3 lettera b e comma 4.
Al corso ho capito che se un dipendente fruisce a ore non si applica la lettera b (legge Brunetta nei vari giorni in cui chiede il permesso a ore per malattia art. 33), operativamente al gestionale sidi del MIUR c'è il suo codice.
Al fine del computo del periodo comporto quando raggiunge con le ore 1 giorno inserisco sempre al gestionale sidi il codice assenza malattia, il decreto che produce indica che il giorno deve avere l'applicazione della legge brunetta, a mio avviso è sbagliato e non la applico per quel giorno è corretto?
Grazie