Docente con permessi per mandato amministrativo: la supplente contesta la durata del contratto...

Sono DS in un Liceo. Nella scuola è in servizio un docente che ricopre la carica di sindaco e quindi ha diritto a permessi mensili fino a 48 ore oltre agli altri permessi per sedute consiliari, ecc. Allo scopo di garantire la continuità didattica si è concordato col docente il calendario dei permessi in modo da affidare 11 ore settimanali ad un supplente. Al SIDI la nomina del supplente dovuta a permesso per mandato amministrativo viene consentita solo per un giorno. Per consentire una nomina più lunga si è inserita l'assenza del sindaco fino al termine delle lezioni (PE14- permesso retribuito) e si è potuto inserire un contratto per la supplente con durata più lunga. Il contratto della supplente è stato interrotto durante i periodi di interruzione delle attività didattiche (natale, pasqua, ponti,...), periodi durante i quali il sindaco non usufruisce di permessi e riattivato alla ripresa dell'attività didattica. La docente invoca l'art. 40 c.3 del CCNL 2007 ed in particolare il fatto che la motivazione dell'assenza in un'unica soluzione da almeno 7gg prima ad almeno 7gg dopo la ripresa delle lezioni non riveste alcun rilievo di fronte alla oggettiva assenza del titolare. Quindi il fatto che l'assenza sia dovuta a permessi orari non è un impedimento all'applicazione dell'art. 40 c.3.
Ha ragione la supplente? Bisogna riconoscere ai fini giuridici ed economici anche i periodi di interruzione dell'attività didattica?
Grazie