Scopriamo in ritardo che un collaboratore scolastico ha superato il periodo di comporto: come procedere?

Spettabile Redazione,
un collaboratore scolastico in servizio presso la nostra scuola ha superato il periodo di comporto.
Si precisa che il suddetto collaboratore, in servizio nel nostro Istituto dal 1 settembre del corrente anno scolastico, è stato sempre assente per malattia, fatta eccezione per tre giorni, di cui due festivi, in cui è stato in servizio.
La nostra scuola si è accorta con ritardo del superamento del comporto a causa di un errore commesso dall'istituzione scolastica in cui il collaboratore prestava servizio in precedenza (malattia calcolata erroneamente al 100 per cento senza applicare la decurtazione). Quando ci siamo resi conto dell'errore, abbiamo tempestivamente provveduto a richiedere opportuno decreto "ora per allora" all'altra scuola, abbiamo emesso gli atti consequenziali e inviato richiesta di accertamento alla Commissione Medica di Verifica, precisando, nella richiesta, di accertare se il lavoratore fosse idoneo o meno all'atto del superamento del comporto.
La commissione medica di verifica si è così espressa:
"E' SI IDONEO AL SERVIZIO E ALLA QUALIFICA DI APPARTENENZA. EVENTUALI LIMITAZIONI DELL'ATTIVITA' LAVORATIVA A CURA DEL MEDICO COMPETENTE".
Abbiamo, pertanto, invitato il collaboratore a riprendere servizio.
Ora, ci chiediamo quali siano gli atti consequenziali da porre in essere nelle seguenti casistiche:
1) il collaboratore non riprende servizio. A chi spetterebbe, eventualmente, avviare la pratica per il licenziamento? Al Dirigente scolastico? All'UPD? Cosa deve fare la scuola?
2) il collaboratore, come ha fatto finora, comunica ulteriore assenza per malattia tramite semplice certificato del medico di medicina generale: quali atti deve porre in essere la scuola, in tal caso, visto il giudizio espresso dalla commissione medica di verifica?
3) il collaboratore cambia tipologia di assenza: come dovrebbe comportarsi la scuola, in tale circostanza?
4) in che modo va coinvolto il medico competente, atteso che, nel giudizio della commissione medica, è precisato che eventuali limitazioni dell'attività lavorativa sono a cura dello stesso?
Grazie per l'attenzione.